Il 19 ottobre 1984, nel tardo pomeriggio, una forte scossa sismica colpì Zafferana ed i comuni limitrofi.

Fu evento tragico che causò la morte di un uomo e la distruzione di buona parte delle abitazioni, irrimediabilmente rese inagibili dalla violenza del terremoto.

Il sisma non risparmiò neanche la Chiesa Madre, danneggiandola rovinosamente; il danno più ingente si registrò a carico della volta della navata centrale che crollò per metà della sua lunghezza travolgendo e distruggendo il pulpito. Crepe e fratture si aprirono anche sul resto della struttura e gli stucchi della cupola, dell'abside e dei capitelli vennero danneggiati.

La chiesa fu dichiarata inagibile e le celebrazioni vennero ospitate in una "Chiesa tenda".

Si dovettero attendere diversi anni per l'inizio dei lavori di restauro e di consolidamento dell'intera struttura, effettuati con criterio restituendo alla Matrice il suo antico splendore.

La Chiesa Madre, dopo ben 13 anni di attesa, venne riaperta al culto il 30 ottobre 1997 con Solenne Rito di Dedicazione officiato da S. E. Card Salvatore Pappalardo.